市财政局设下列内设机构：
（一）办公室。负责机关日常运转，承担文电、会议、机要、督查督办、信息、宣传、档案、安全保密、信访、政务公开等工作；围绕市委市政府重大决策部署，牵头对全市财政运行和改革发展中的重点问题开展工作调研并提出相关政策建议；承担综合性文稿起草工作；承担机关财务、后勤保障、政府采购、国有资产管理等工作；指导所属事业单位财务、政府采购、国有资产管理等工作；承担机关及所属事业单位干部人事、机构编制、劳动工资等工作；指导全市财政系统人才队伍建设和教育培训工作；组织年度绩效考核工作；负责市“金财工程”相关工作；参与编制智慧城市项目和政府投入信息化项目计划；承担局机关信息化建设和信息安全工作；负责局机关局域网和办公自动化系统、局门户网站的建设和维护；负责局机关信息化的宣传、教育和培训工作；负责离退休干部工作。
（二）预算科。拟订财政支持经济社会发展的政策措施；研究提出财政政策、财政体制、预算管理制度和中长期财政发展规划的建议；拟定预算考核有关办法，组织预算分析预测；拟定财政收入政策和市级支出预算管理办法，组织编制年度市级预算草案和市级预算调整草案，办理预算调整事项；汇总年度全市预算，组织开展市级部门预算审核、批复；承担市本级部门支出标准体系建设及项目库管理工作；提出增收节支和平衡财政收支的政策措施与建议；牵头编制市本级基本建设资金预算、政府性基金预算；负责市本级预算指标的管理；承担市财政与省财政结算、镇（园区）财政转移支付和结算工作；牵头组织预决算公开工作；贯彻落实税收减免、退税、税收返还有关工作；负责关税税政管理有关工作。
（三）国库科。拟订国库管理和国库集中收付制度并组织实施，指导和监督国家金库启东市支库业务；实施市级预算执行管理工作，实施动态监控；管理财政和预算单位账户，管理国库和财政专户资金；组织编制财政总决算、部门决算和政府财务报告；实施总预算会计管理，负责市级财政资金的核算、管理和调度；负责综合性财政统计工作；负责财政审计相关工作。
（四）综合科（行政服务科）。研究提出社会收入分配政策建议；拟订全市非税收入政策，承担政府性基金、行政事业性收费管理相关工作；负责管理财政票据；负责房地产各项规费的退还工作；参与市住房公积金运营监管工作；参与住房保障政策研究及政策性补贴的审核发放工作；会同有关部门拟订国有土地、海域海岛、矿产等国有资源收入政策，参与国有土地、海域海岛、矿产等国有资源使用政策研究和制度改革；承担全市土地出让金管理工作；协助监管彩票市场，按规定管理彩票公益金; 承担财政、财务、会计等方面行政审批事项工作，并限时办结；负责与市行政审批局的协调对接，负责进驻市行政审批局窗口人员的业务培训。
（五）经济建设科。承担发展改革、住房城乡建设、交通、生态环境、城市管理、科技、市场监管等方面的部门预算、财政监督、会计管理、绩效管理、资产管理等有关工作；拟订公共交通运营补贴政策并负责财政性资金管理；拟订城市建设管养体制；负责市级城市建设项目库的建设；负责市区城市水利基本建设资金的管理；拟订实施促进地方金融业发展和引导金融支持实体经济的财政政策；实施普惠金融政策；参与拟订地方金融发展、监管、改革等相关政策；承担农业保险相关管理工作；承担担保与再担保业务的资产、财务监督管理；负责全市道路交通事故社会救助基金管理工作；拟订支持政府投资基金发展的财政政策和管理制度；研究提出市级政府投资基金发起、设立或者参与各类政府投资基金的计划和方案；承担市级政府投资基金的管理工作；对全市政府投资基金工作进行指导和信息统计；参与拟订生态环境领域发展规划和政策；拟订支持生态环境保护与治理等相关财政政策并组织实施；承担市级生态建设专项资金管理工作；参与拟订经济运行、产业结构调整等方面规划和政策；拟订财政支持产业、促进内外贸发展、保障市场监管和促进军民融合的财政政策；承担产业转型升级专项资金管理工作；监督管理粮食等专项政策性补贴和储备资金的使用；负责铁路、港口、机场等重大基础设施建设的财政性资金管理；拟订公共交通运营补贴政策并负责财政性资金管理。
（六）行财社保科。承担教育、民政、卫生健康等有关部门年度部门预算、财政监督、会计管理、绩效管理、资产管理的相关工作；拟订行政事业性经费的财务管理制度，提出需要统一规定的开支标准和定额；贯彻执行国家政法经费保障政策制度，拟订地方配套政策并组织实施；承担教育、社会保障、医疗卫生、文化发展等专项资金管理工作；承担人才专项资金管理工作；审核和汇总编制全市社会保险基金预决算草案；承担市级社会保障资金（基金）财政监管工作；参与事业单位分类改革和绩效工资管理工作；参与养老保险基金和职业年金的委托投资运行工作；承担财政预算内党政机关、事业单位和群众团体的因公出国（境）经费与非贸易外汇管理；承担全市统一着装管理工作。
（七）农业农村科。承担农业农村、水利、扶贫等方面的部门预算、财政监督、会计管理、绩效管理、资产管理等有关工作；研究提出财政支持农业农村发展与改革的政策建议；拟订财政支农资金管理制度；拟订支持自然资源和国土空间管理、应对气候变化等相关财政政策并组织实施；参与拟订自然资源发展规划和政策；贯彻执行农业、水利行业财务管理制度。牵头承担财政支持实施乡村振兴战略相关工作，承担乡村振兴发展专项资金管理工作；统筹管理财政扶贫资金；参与编制市农业综合开发规划和年度计划，负责农业综合开发项目资金和财务的管理；指导全市镇（园区）财政建设工作。
（八）会计科。管理全市会计工作。组织实施国家统一的会计制度；监督和规范会计行为；负责全市会计人员管理，推进会计人才队伍建设，按规定承担会计专业技术资格管理工作；牵头组织行政事业单位内部控制制度管理；指导和推广实施会计信息化标准；指导和监督代理记账机构业务工作。
（九）财政监督科（绩效管理科）。研究建立全方位、全过程、全覆盖的预算绩效管理体系；拟订预算绩效管理政策、制度和实施办法；组织开展市级财政资金预算绩效目标管理、绩效运行监控、绩效评价等工作；组织和指导市级部门（单位）开展预算绩效管理工作；指导镇（园区、街道）开展预算绩效管理工作；拟订财政监督检查政策制度；牵头组织财政监督检查工作；承担财税法律法规、规章及政策执行情况、预算管理有关监督工作；承担局机关及所属事业单位内部监督和审计工作；承担会计信息质量监督工作；牵头局机关内部控制制度建设。
（十）政府采购管理科。负责拟订政府采购政策规定；研究提出政府采购预算管理政策；管理和监督政府采购活动；调整市级政府集中采购目录、政府采购限额标准及公开招标数额标准；组织拟订政府购买服务政策；对全市政府采购工作进行指导和信息统计分析；组织政府采购人员的培训；处理政府采购中的投诉事宜；协助上级机关对政府采购代理机构实施监督检查。
（十一）基本建设科。承担财政投资项目基本建设财务管理。负责财政性投资建设项目估算、概算、预算的评估和审核；参与制订财政投资项目基本建设财务管理制度及政府投资项目财政评审相关管理制度；参与对政府投资建设项目跟踪管理工作；负责对财政投资建设项目的年度财务决算按审计结果进行批复，并提出处置意见。
（十二）税政法规科。贯彻落实国家税收政策法规，在权限范围内研究提出税收政策调整建议；研究提出税制改革、税目税率调整、减免税等建议；分析评估税收政策执行情况；组织开展税源调查工作；监督税收法规和政策的执行；组织起草地方性财税规范性文件；承担重大财政政策、规范性文件和具体行政行为的合法性审查工作；承担国家赔偿费用管理工作；负责财政行政执法工作；组织、监督、协调行政处罚、行政复议、行政诉讼等有关工作；承担财政法治宣传教育工作；组织、监督、协调行政许可、行政审批有关工作。
（十三）债务管理科（国有企业监督管理科）。拟订全市政府债务管理的政策措施并组织实施，承担政府债务余额限额管理和预算管理工作；承担全市债务风险预警管理、市本级部门单位债务和或有债务管理等工作；组织开展地方政府债券发行相关工作，做好地方政府债券转贷、还本付息及资金使用监管工作；承担全市政府隐性债务管理相关工作；负责市本级国有公司政府隐性债务管理工作；贯彻执行国家买足球的软件外债管理的政策法规，参与市利用国外贷款的有关工作；承担市政府性债务管理领导小组办公室的日常工作;贯彻落实国家和省企业改革政策，研究提出国有企业改革、国有经济布局和结构战略性调整、完善国有资产监管的政策建议；研究建立国有资本运作制度，组织指导国有资本投资、运营公司开展国有资本运营，推动国有资本保值增值;指导所监管企业布局和结构调整；审核所监管企业的发展战略和规划，对所监管企业重大投资进行监管；指导国有企业的现代企业制度建设；拟订所监管企业合并、股份制改造、上市、合资等重组方案；提出所监管企业国有资本投资公司、运营公司的改组和组建方案；承办所出资的国有独资公司章程的审核工作；指导所监管企业建立健全会计和财务管理制度；综合研究国有经济和所监管企业的运行状况；承担所监管企业清产核资和资产损失核销工作；指导所监管企业风险管控；组织做好所监管企业内部审计工作；承担企业国有资产统计分析工作；分类完善所监管企业负责人经营业绩考核制度；对所监管企业负责人进行年度和任期经营业绩考核，并做好考核结果的应用；规范所监管企业工资分配管理，调控所监管企业工资分配水平，提出企业负责人薪酬制度和激励办法并组织实施；规范所监管企业负责人履职待遇、业务支出和职工福利保障；提出国有企业收入分配制度改革的指导意见；组织所监管企业上交国有资本收益；承担拟订国有资本经营预算有关制度的工作；承办国有资本预决算编制、执行的有关工作;研究提出完善国有产权管理的意见，承担所监管企业产权登记、转让、划转、处置等工作；承担所监管企业资产评估项目的核准和备案工作；审核所监管企业的资本金变动、股权管理及发债方案；监督、规范企业国有产权交易；指导所监管企业对所从事的金融业务加强管理；组织指导有关投资基金的设立和运作;分类处置、督办和核查在巡察、审计和监督检查中发现移交的问题，对共性问题开展专项核查，组织国有资产重大损失调查，提出有关责任追究的意见建议并督促整改；指导监督镇（园区）国有资产监管工作;承担全市政府与社会资本合作相关管理工作。
（十四）资产管理科。拟订行政事业单位国有资产管理办法；组织市级行政事业单位经营性国有资产集中统一监管工作，盘活、处置政府闲置资产；牵头编制政府资产报告和行政事业单位资产年报；负责市直行政事业单位资产处置的日常审核、审批；拟订行政事业单位资产配置标准；完善资产管理信息系统；负责市直公物仓资产的日常管理；负责定点评估、拍卖机构监管。
机关党总支。负责机关及所属事业单位的党的建设工作。