市交通运输局负责贯彻落实中央买足球的软件交通运输工作的方针政策和省委、南通市委、启东市委的决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对交通运输工作的集中统一领导。主要职责是：
（一）贯彻执行党和国家、省、南通市有关交通运输的方针政策、法律法规，拟订全市交通运输行业有关政策并监督实施；负责全市交通运输行业体制改革工作。
（二）组织编制全市综合交通运输体系规划，组织拟订全市公路、航道、港口、民用航空、城市公共交通和交通物流业等交通运输行业的发展规划和年度计划，参与全市铁路规划；组织编制城市客运发展规划和参与客运有关设施规划，组织编制交通运输枢纽规划；负责交通运输行业统计和信息发布工作。
（三）负责全市交通运输行业基础设施建设、质量监督与维护工作；负责全市港口岸线、陆域、水域交通运输的统一管理工作。
（四）承担全市道路、水路、港口运输市场监管责任；负责城市客运和出租汽车行业管理工作；负责全市客货运站场建设管理工作；负责机动车维修和机动车驾驶员培训管理工作；负责交通物流市场管理工作。
（五）指导全市交通运输综合行政执法工作。负责除长江和沿海以外的全市其他通航水域的水上安全监督、内河救助打捞、船舶防污染监督管理工作；协助做好内河通航水域船舶检验工作。
（六）组织、协调全市铁路建设项目的申报立项、勘测、设计等前期工作、征地拆迁工作；负责对铁路及其相关工程质量保障体系进行监督检查。
（七）负责提出交通运输专项资金安排意见；负责交通运输预算资金的申请、拨付和监管；指导监督交通国有资产管理和保值增值；负责交通运输行业内部审计工作。
（八）拟订全市交通运输行业科技与信息化政策、规划和规范并组织实施；指导并监督交通运输行业质量、技术、环保和节能减排工作。
（九）负责全市交通运输行业安全生产的监督管理；承担并指导全市交通运输行业应急处置工作；组织实施重点物资运输和紧急运输。
（十）组织引导全市通用航空产业发展；承办市国防动员委员会交通战备办公室工作。
（十一）指导全市交通运输行业队伍建设和精神文明建设。
（十二）承办市委、市政府交办的其他任务。
（十三）与市农业农村局的有关职责分工。市交通运输局做好渔业船舶检验相关衔接工作，市农业农村局负责渔业船舶检验和监督管理工作。