市农业农村局设下列内设机构：
（一）市委农办综合科（发展规划科）。承担市委农办的日常工作；承担综合报告、新闻宣传、重要文稿和指导“三农”工作重要文件的起草工作；组织开展乡村振兴相关重大问题和政策调查研究，提出工作建议；承担市委农村工作领导小组重要会议活动的协调保障和组织服务工作；起草农业农村经济发展战略、中长期发展规划；组织编制、审核行业（系统）发展专项规划；组织农业资源区划工作，指导农业区域协调发展。
（二）市委农办督查考核科（农村社会事业促进科）。负责落实市委农村工作领导小组对全市农业农村有关重点工作的综合考核；承担协调督促检查有关方面落实市委农村工作领导小组决定事项、工作部署和要求等工作；负责局重要事项的督办工作；开展农村社会事业重大问题研究；统筹协调乡村振兴和农村人居环境整治等有关工作；提出改善农村人居环境和推动农村社会事业发展、农村公共服务体系和基础设施建设的政策建议，并推动实施；承担改善农村人居环境，指导村庄整治、村容村貌提升、美丽乡村建设等有关具体工作；指导农村精神文明和优秀农耕文化建设。
（三）办公室。负责机关日常运转，承担信息、安全、保密、信访、政务公开等工作；牵头协调局系统和农业行业安全生产；组织指导全市农民体育运动。
（四）人事科。承担机关及所属事业单位的干部人事、机构编制、劳动工资和教育培训工作；指导全市农业农村人才队伍建设。
（五）法规科（行政服务科）。承担规范性文件的合法性审查，承担行政执法监督、行政复议、行政应诉等工作；组织开展普法宣传；指导农业农村法治建设；组织开展农业领域“放管服”改革、权责清单制度建设工作，清理规范行政许可事项，负责行政审批综合办公业务管理工作；负责种子、肥料、农药、兽药、饲料及饲料添加剂、农机、渔业等有关行政审批事务。
（六）政策与改革科（农村合作经济指导科）。提出巩固完善农村基本经营制度的政策建议；承担农民承包地、农村宅基地改革和管理及农村集体产权制度改革工作；指导农村土地承包经营纠纷调解和仲裁工作；指导宅基地分配、使用、流转、纠纷仲裁管理和宅基地合理布局、用地标准、违法用地查处，指导闲置宅基地和闲置农房利用；提出农业农村改革发展相关政策建议；承担全面深化农村改革和农村改革试验区建设管理工作；研究提出促进农民增收的政策建议，协调推进农民增收有关工作；监督减轻农民负担和村民“一事一议”筹资筹劳管理；协调推进乡村治理体系建设；指导农村集体资产和财务管理、农民合作经济组织和农业社会化服务体系建设；负责农村产权流转交易市场的指导、协调和服务工作；培育农村新型农业经营主体，完善新型农业经营体系和发展多种形式适度规模经营；负责农经统计有关工作；市农业农村局负责指导农村集体经济组织成员身份确认；负责被征地农民名单的确定；负责征收土地过程中承包土地政策解释、纠纷调处和征后农户间土地小调整的指导。
（七）计划财务审计科。负责局机关及所属事业单位财务核算、内部审计工作；提出扶持农业农村发展的财政政策和项目建议；提出农业投资规模、方向的建议并监督实施；编报部门预算并组织执行；参与农村金融、农业保险的政策制定；组织提出农业生产救灾资金安排建议；协助做好农业补贴相关工作；指导监督局系统国有资产和政府采购管理工作；组织开展系统财政支农项目资金审计监督，指导全市农业农村系统内部审计工作。
（八）乡村产业发展科（市场与信息化科）。拟订乡村产业、农产品加工业、休闲农业和农业产业化发展的政策措施并组织实施；推动农村一二三产业融合发展；指导和监测农业产业化重点龙头企业发展；指导开展农村创业创新工作。编制农业农村经济信息体系建设规划并组织实施；提出大宗农产品市场体系建设建议；承担农业品牌建设有关工作；组织开展农产品和农业生产资料供求、价格分析和监测预警；指导农产品营销促销工作；发布农业农村经济信息，指导农业信息服务；承担农业统计和农业农村信息化有关工作；负责局系统涉外事务的组织、审核、报批，协调指导农业农村系统对外交流合作事务；负责农业国际贸易、农业利用外资的指导管理；指导农业“走出去”工作，协助组织实施农业援外项目；负责农业对外合作载体建设和开放型农业项目的指导管理。
（九）种植业与科技教育科。拟订种植业发展政策、规划；指导粮食蔬菜园艺作物生产、种植业结构和布局调整及标准化生产工作；发布农情信息；组织实施种植业发展重大技术措施和农作物重大病虫害防治有关工作；负责发展节水农业、设施农业、抗灾救灾、植物检疫相关工作；承担肥料有关监督管理以及农药生产、经营和质量监督管理，指导农药科学合理使用；指导现代农业产业园区建设与管理工作。管理农业科技成果，指导农业科研、技术引进、成果转化和技术推广工作，推动产业技术体系、农技推广体系建设；监督管理农业转基因生物安全；指导农村可再生能源开发利用、节能减排、农业清洁生产和生态循环农业建设；承担推动农业绿色发展有关工作；指导农业教育和职业农民培育；拟订农作物和畜禽种业发展政策、规划；拟订农作物、畜禽遗传改良计划，组织开展良种重大科技联合攻关，构建种业产学研融合创新体系；组织实施农作物种质资源、畜禽遗传资源保护和管理；承担农业植物新品种保护工作；监督管理农作物种子、种苗；组织抗灾救灾和备荒种子的储备、调拨；承担外来物种管理相关工作。
（十）农产品质量安全监管科。组织实施农产品质量安全监督管理有关工作；指导农产品质量安全监管体系、检验检测体系和信用体系建设；承担农产品质量安全标准、监测、追溯、风险评估等相关工作；承担农产品质量安全突发事件应急处置具体工作。
（十一）畜牧兽医科（重大动物疫病防控办公室）。拟订畜牧业、饲料业、畜禽屠宰行业、兽医事业发展政策和规划；监督管理兽医医政、兽药及兽医器械；指导畜牧业结构调整；指导畜禽粪污资源化利用；监督管理畜禽屠宰、饲料及其添加剂、生鲜乳生产收购环节质量安全；组织实施动物防疫检疫工作；承担兽药及兽用生物制品安全管理和出入境动物检疫有关工作；负责建立完善重大动物疫情监测预警系统；组织开展有关突发重大动物疫情应急知识和处置技术的培训；组织开展重大动物疫情应急响应，指导各地做好重大动物疫病应急处置工作。
（十二）渔业科。拟订渔业发展政策、规划；保护和合理开发利用渔业资源，指导水产健康养殖和水产品加工流通，组织水生动植物病害防控；组织渔业水域生态环境及水生野生动植物保护。
（十三）渔政监督管理科。指导渔政渔港监督、渔业船舶管理等工作；组织实施中日、中韩等渔业协定，协助重大涉外渔业事件处置工作，负责远洋渔业管理和发展工作；负责渔业安全生产监督管理和防灾减灾工作；协调处理海洋、长江等水域的渔业安全搜救工作和渔业安全重大突发事件；承担渔业船舶检验和监督管理职责。
（十四）农机发展监管科。指导农业机械化发展，拟订全市农业机械化发展规划并组织实施；组织提出农业机械化、农用航空等发展的政策建议；组织实施农机购置补贴政策；组织农业机械展示展览和业务交流；承担农业机械化技术和装备发展工作；提出农机装备的技术规范和发展要求；组织种植业、养殖业和设施农业的机械化技术创新和推广应用；组织实施秸秆机械化还田作业补助政策。负责农机安全生产监督管理工作，组织农机安全监理；指导和监督道路外农机违法行为查处、事故处理和应急管理工作；组织实施农机具报废更新；负责全市农机维修行业管理、试验鉴定与质量监督、农机行业职业技能培训等工作。
（十五）农田建设管理科（耕地质量科）。提出农田建设项目需求建议；承担高标准农田建设项目、农田整治项目、农田水利建设项目管理工作；组织开展节水农业灌溉工程项目建设；拟订农田建设技术标准和规范；组织实施和管理农业综合开发项目；拟订全市滩涂农业围垦开发项目的中长期规划和年度计划，对农业围垦开发项目实施行业管理；参与开展永久基本农田保护；承担耕地质量管理相关工作；指导划定农业产品禁止生产区域。
（十六）农业项目建设监督评价科。提出农业项目建设监督评价指标；组织督查农业项目建设及建后管护工作；组织开展农业项目建设竣工验收；承担农业项目建设绩效评价工作。
（十七）扶贫工作科。拟订全市扶贫开发项目规划和年度计划并组织实施；负责拟订财政专项扶贫项目管理办法，指导项目实施；协调拟订财政专项扶贫资金分配方案，加强扶贫资金监管；负责推进完善扶贫开发协调机制；负责督查精准扶贫精准脱贫工作机制的落实，组织开展脱贫攻坚工作成效的考评；指导扶贫统计监测和建档立卡工作；负责全市扶贫开发宣传、培训和信息化建设等工作。
机关党总支。负责机关党的建设工作。