根据部门职责，启东市市场监督管理局设16个内设机构。
（一）办公室。负责机关日常运转，承担政务信息、安全、保密、档案、信访、政务公开、公文处理、会议会务、后勤保障等工作；承担综合性文件、文稿的起草工作；拟订并协调和督促机关工作制度的落实；负责上级部门部署的重点工作任务和市局重大事项的考核、督查督办；负责国有资产管理工作；组织协调市场监督管理方面事故的应急处置和调查处理工作；拟订市场监督管理信息公布制度，承担新闻宣传、新闻发布管理工作；协调组织重大宣传活动；负责网站、新媒体发布信息的监督管理工作；组织市场监督管理舆情监测、分析和协调处置工作；组织开展与新闻媒体的交流与合作；承担协调推进市场监督管理方面深化改革工作；组织开展相关政策研究和综合分析；拟订市场监督管理中长期规划并组织实施；承担并指导市场监督管理统计工作；拟订实施相关科技发展规划，提出质量基础设施等重大科技需求，承担相关科研攻关、技术引进、成果应用工作；负责所属事业单位技术能力建设；组织指导全市市场监督管理系统基本建设和装备配备工作；组织指导全系统网络安全、数据应用及信息化建设工作；拟订并组织实施数据标准和管理办法；组织协调相关信息化项目实施工作。
（二）人事教育科。负责党建工作；负责机关及所属事业单位的干部人事、机构编制、教育培训、考核奖惩等工作；负责机关及所属事业单位的外事工作，承担市场监督管理对外交流与合作工作；组织全市市场监督管理专业技术资格评审工作；组织全系统人才队伍建设工作；负责离退休干部工作。
（三）法规科（行政服务科）。承担市场监督管理规范性文件的合法性审查、备案和清理工作；组织开展市场监督管理行政执法监督工作；承担行政处罚案件的审核、听证工作；承担或参与有关行政复议、行政应诉和行政赔偿工作；负责行政执法人员资质管理工作；组织开展有关法治宣传教育工作。
（四）财务科。负责全系统预决算、绩效管理、会计及内部控制、财务管理，以及各类资金、专用基金管理工作；指导、监督所属事业单位的财务工作；承担对所属事业单位的相关审计工作。
（五）信用与风险监督管理科（小微企业个体工商户专业市场党建工作办公室）。拟订全市市场主体信用监督管理制度和措施；负责市市场监管信息平台的建设管理和国家企业信用信息公示系统（南通）的维护管理工作；组织指导市场主体信用分类管理和信息公示工作；负责建立经营异常名录和“黑名单”；承担市场主体监督管理信息和公示信息归集共享、联合惩戒的协调联系工作；负责全市无照生产经营和相关无证生产经营行为查处的业务指导；统筹协调市场监督管理方面的诚信体系建设和风险监测研判、风险分类、风险预警、风险交流等工作；组织指导全市“双随机、一公开”监管工作；拟订并指导实施全市市场主体统一登记注册和营业执照核发的具体办法、措施；指导全市市场监督管理方面的行政许可；指导全市登记注册全程电子化工作；负责全市登记注册信息的分析公开工作；组织指导全市市场主体登记注册行为的监督检查工作；调查研究私营企业、个体私营经济发展与管理情况；承担建立完善小微企业名录的相关工作；在市委组织部指导下，指导全市各地市场监督管理部门配合党委组织部门开展小微企业、个体工商户、专业市场的党建工作。
（六）综合监管科。拟订有关价格收费监督检查、反不正当竞争的办法和措施；负责依法监督价格收费行为，组织实施商品价格、服务价格以及国家机关、事业单位行政事业性收费的监督检查工作；指导全市价格监督管理工作；承担监督管理直销企业、直销员及其直销活动和打击传销工作；拟订并组织实施网络商品交易及有关服务行为监督管理的办法和措施；组织指导协调网络交易监督管理；负责全市网络市场执法工作的业务指导；组织指导网络交易平台和网络经营主体规范管理工作；组织指导实施网络交易行为监测工作；组织协调跨部门、跨区域网络交易监管协作；组织指导网络交易监管平台建设应用工作；依法组织实施合同、拍卖行为监督管理，组织开展企业合同履约信用记录公示活动，管理动产抵押登记；拟订并组织实施全市广告业发展规划、政策，指导广告业发展工作；拟订实施全市广告监督管理工作制度措施，组织开展广告经营活动监督检查；负责全市广告执法工作的业务指导；组织指导广告发布登记、广告监测工作；指导促进公益广告发展工作；指导广告审查机构和广告行业组织工作；按照市委市政府部署，负责高端纺织、生物医药、高端食品产业推进。
（七）质量监督管理科。拟订并组织实施质量强市建设的政策措施；承担统筹质量基础设施协同服务及应用工作；组织实施质量激励制度措施；组织推进品牌发展战略；指导应用并推广先进质量管理方法；制定落实产品和服务质量提升、产品质量安全事故强制报告、缺陷产品召回等制度；组织缺陷产品召回技术机构开展产品缺陷调查及相关技术工作；组织开展质量督察工作；承担重大工程设备质量监理和产品防伪工作；组织开展服务质量监督监测和质量事故调查工作；承担市质量强市办公室的日常工作；指导消费环境建设工作，组织开展放心消费创建活动；拟订全市生产和流通领域（含市场实体店、电商平台、电视购物平台等）重点监督产品目录，制定并组织实施全市生产和流通领域产品质量监督计划；承担产品质量市级监督抽查、风险监控、分类监管工作，组织指导产品质量监督抽查后处理工作；指导和协调产品质量的行业、地方和专业性监督；组织开展工业产品生产许可企业监督检查；负责协调实施纤维制品质量监督工作；拟订实施全市认证、检验检测发展规划和制度措施；组织实施全市强制性和自愿性产品、管理体系、服务认证体系建设；指导推进全市检验检测体系建设和行业发展，推动检验检测机构能力建设；负责全市认证市场和认证活动、检验检测市场和检验检测活动的监督管理工作；指导促进全市认证行业发展；组织建立认可与检验检测资源社会共享机制，组织参与认可与检验检测国际或区域性技术活动。
（八）食品安全协调科。统筹指导全市食品安全工作；拟订并组织实施全市推进食品安全战略的重大政策措施和规划；统筹协调食品安全全过程监管中的重大问题；负责食品安全统计工作，分析预测食品安全总体状况；组织食品安全重大事故调查；统一发布重大食品安全信息；指导镇（园区、街道）食品安全综合协调机构开展具体工作；做好食品安全重大整治行动的组织实施和相关信息汇总、上报等工作；开展食品安全考核督查工作；承担市食品安全委员会办公室日常工作。
（九）食品安全监督管理科。分析掌握市场监管领域食品安全形势；拟订并组织实施食品生产加工、食品流通、餐饮服务、市场销售食用农产品及特殊食品生产经营的监督管理和食品生产经营者落实主体责任的制度措施；组织开展食品生产加工、食品流通、餐饮服务、市场销售食用农产品及特殊食品生产经营者的监督检查；组织食盐生产经营质量安全监督管理工作；指导企业建立健全食品安全可追溯系统；组织实施餐饮质量安全提升行动；指导重大活动食品安全保障工作；承担国家、省、南通市食品安全抽检监测管理事项；拟订并组织实施全市食品安全监督抽检计划，定期发布相关信息；指导不合格食品核查、处置、召回工作；组织协调开展食品安全评价性抽检、风险监测、隐患排查和预警交流工作。
（十）药械监督管理科（化妆品监督管理科）。依职责监督实施药品和医疗器械经营使用质量管理规范、分类管理制度，负责对药品零售使用、医疗器械经营使用、化妆品经营环节开展监督管理和业务指导，以及质量问题处置和风险防控工作；负责全市药品零售使用环节、医疗器械经营使用环节、化妆品经营环节执法工作的业务指导。
（十一）特种设备安全监察科。依法组织对特种设备的安装、维修、经营、使用、检验、检测等环节进行监督检查；负责监督检查高能耗特种设备节能标准、锅炉环境保护标准的执行情况，按规定报告特种设备事故，配合特种设备事故的调查处理；负责全市特种设备安全执法工作的业务指导；承担特种设备检验检测机构和检验检测人员、作业人员监督管理工作；负责特种设备许可事项的审批。
（十二）标准计量科。推行法定计量单位；负责规划建立社会公用计量标准；组织制定实施地方计量技术规范；承担计量标准、计量标准物质和计量器具的管理工作，组织量值传递溯源和计量比对工作；承担商品量、市场计量行为、计量仲裁检定和计量技术机构及计量人员的监督管理工作；规范计量数据使用；负责全市计量执法工作的业务指导；拟订实施全市标准化战略和发展规划；负责协调各部门、各行业共同推进标准化工作；负责对标准的制定、实施进行监督；指导企业标准化工作，承担标准化试点示范工作，负责管理团体标准工作；组织开展标准化国际合作，负责管理标准化技术组织；指导标准化服务机构开展标准化服务工作；承担技术性贸易措施有关工作；负责全市组织机构统一社会信用代码和商品条码管理；负责全市标准化执法工作的业务指导。
（十三）知识产权科。负责拟订市知识产权战略和知识产权强市建设的规划计划、政策措施并组织实施；承担知识产权计划项目的综合管理工作；拟订鼓励商标、专利、地理标志、集成电路布图设计等知识产权申请和注册登记的政策措施并组织实施；负责驰名商标推荐和地理标志管理相关工作；承担知识产权统计分析工作；承办涉外知识产权事宜的统筹协调和知识产权工作的对外联络、合作交流；研究国内外知识产权发展动态；拟订知识产权人才培养规划计划、政策措施并组织实施；组织开展各类知识产权专业人才培养；组织开展知识产权宣传；承担市知识产权和商标战略实施工作领导小组办公室的日常工作；承担知识产权保护体系建设相关工作；负责对商标专利执法工作的业务指导和监督检查，组织落实商标权、专利权确权和侵权判断标准以及商标专利执法的检验、鉴定和其他相关标准；依法保护特殊标志、官方标志；组织指导知识产权争议处理、维权援助和纠纷调处；负责知识产权信用管理工作；参与知识产权行政应诉工作；负责拟订促进知识产权服务业发展和培育知识产权密集型产业的规划计划、政策措施并组织实施；承担知识产权公共服务体系建设工作，推动商标、专利、地理标志、集成电路布图设计等知识产权信息的传播和利用；负责监督管理商标、专利等知识产权服务机构；承担知识产权运营服务体系建设工作；指导知识产权金融服务工作；规范知识产权无形资产评估工作；组织实施商标品牌、专利等知识产权奖励制度；组织实施专利导航和知识产权风险预测预警工作；指导产业集群品牌培育基地和知识产权密集型园区建设；指导企事业单位知识产权工作，培育知识产权密集型企业；组织实施知名商标品牌、高价值专利和地理标志培育工作；指导知识产权管理标准化工作；指导知识产权军民融合工作。
（十四）监管协调科（市场监管12315投诉举报中心）。承担和指导“12315”的咨询、申诉、举报的受理、转办、处置、督办及信息的汇总、分析、管理、使用工作；负责市政府12345、数字化城管平台转办任务的分流、督办、处理反馈等工作。负责与市行政审批局行政许可信息交换的协调联系工作；负责向市行政审批局反馈相关行政执法结果工作；负责统筹协调事中事后监管与执法稽查的联动配合；负责事中事后监管事项的牵头、汇总和评价工作。承担法律法规规定由市场监督管理部门负责的工业产品、计量、检验检测机构、食品经营等行政审批事项；负责协调行政审批事项的检验、检测相关工作。
（十五）执法稽查科。拟订并组织实施全市市场监管综合行政执法及稽查办案的制度措施；负责统筹协调全系统市场监管综合行政执法工作；组织、指导查处市场主体准入、生产、经营、交易中的违法行为；组织查处和督办大案要案，协调跨区域案件查处工作；负责全系统市场监管综合行政执法和案件查办工作的业务指导；依据委托承担本市和指定区域的反垄断执法工作；协助对启东范围内的经营者集中行为及其影响进行调查和提出意见；协助指导本市企业的反垄断应诉；组织实施公平竞争审查制度，组织指导全市开展公平竞争审查。
（十六）安全生产监管科。负责牵头拟订本部门、本行业落实安全生产责任制和相关法律法规的工作规划；指导本部门、本行业安全生产综合监管工作；组织开展本部门、本行业安全检查和专项检查；参与各类安全生产事故调查工作；综合协调本部门、本行业安全生产工作等。