一、办公室（市委审计委员会办公室秘书科）。
负责机关日常运转，承担信息、安全、保密、信访、政务公开、新闻宣传、财务管理等工作；承担重要文稿的起草和审核有关工作；拟订审计工作的规章制度；负责机关及所属事业单位的干部人事、机构编制、劳动工资、教育培训和审计专业技术职称考评等工作；指导审计人才队伍建设；负责机关退休干部工作；负责机关的党群工作；承担市委审计委员会办公室的日常工作。
二、法规与审计管理科。
承担机关有关规范性文件的合法性审查，承担机关行政复议、行政应诉等工作；审理有关审计业务事项，监督检查业务科室审计业务质量，纠正或责成纠正业务科室违反国家规定作出的审计决定；负责对重大违纪违法问题线索的移送协调；拟订审计工作规划和项目计划；统一管理全市审计机关审计项目计划；对审计工作相关重要问题进行研究，对审计成果进行整理研究和综合利用；推动建立健全内部审计制度，对内部审计机构进行业务指导，监督内部审计职责履行情况，检查内部审计业务质量；组织协调对社会审计机构出具的相关审计报告的核查；负责政策跟踪审计项目计划的制定；组织审计国家和省有关重大政策措施贯彻落实情况；参与上级审计机关和本市开展的大督查和专项督查；依法组织检查审计决定执行情况，督促整改审计查出的问题；承担全市经济责任审计规定的起草工作；负责全市经济责任审计的组织协调和指导检查；承担市经济责任审计联席会议日常工作。
三、电子数据审计科。
负责和指导审计机关“金审工程”的推广使用；组织开展审计业务电子数据的采集、验收、整理和综合分析利用；组织对市级有关部门和国有企事业单位网络安全、电子政务工程和信息化项目以及信息系统审计；承担机关信息系统管理工作。
四、财政金融和企业审计科。
组织审计市本级预算执行情况、决算草案和其他财政收支，镇、园区政府预算执行情况、决算草案和其他财政收支，市级财政转移支付资金，镇、园区党委政府主要负责人经济责任履行情况；牵头起草审计结果报告、审计工作报告及审计整改工作报告、审计整改结果公告；组织审计市属国有金融机构和市政府规定的市级国有资本占控股或主导地位金融机构的资产、负债和损益；组织审计市级金融管理部门预算执行情况、决算草案和其他财政财务收支及其主要负责人的经济责任履行情况；组织审计市属国有企业和市政府规定的市级国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益、财务收支及其主要负责人的经济责任履行情况；组织审计市属有关企业的资产、负债、损益及驻外非经营性机构的财务收支；根据上级审计机关授权，组织审计国际组织和外国政府援助、贷款项目。
五、行政事业和社保审计科。
组织审计市级各部门、事业单位、人民团体的财政财务收支及其主要负责人的经济责任履行情况；组织审计市政府相关部门、市政府管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金以及其他有关基金、资金的财务收支。
六、农业和资源环境审计科。
组织审计农业农村、扶贫开发以及其他相关公共资金和建设项目；组织开展领导干部自然资源资产离任审计以及自然资源管理、污染防治和生态保护与修复情况审计。
七、固定资产投资审计科。
组织审计市级投资和以市级投资为主的建设项目以及其他关系到国家利益和公共利益的重大公共工程项目。